北京大学创办于1898年，是戊戌变法的产物，也是中华民族救亡图存、兴学图强的结果，初名京师大学堂，是中国近现代第一所国立综合性大学，辛亥革命后，于1912年改为现名。
在悠久的文明历程中，古代中国曾创立太学、国子学、国子监等国家最高学府，在中国和世界教育史上具有重要影响。北京大学“上承太学正统，下立大学祖庭”，既是中华文脉和教育传统的传承者，也标志着中国现代高等教育的开端。其创办之初也是国家最高教育行政机关，对建立中国现代学制作出重要历史贡献。
作为新文化运动的中心和五四运动的策源地，作为中国最早传播马克思主义和民主科学思想的发祥地，作为中国共产党最初的重要活动基地，北京大学为民族的振兴和解放、国家的建设和发展、社会的文明和进步做出了突出贡献，在中国走向现代化的进程中起到了重要的先锋作用。爱国、进步、民主、科学的精神和勤奋、严谨、求实、创新的学风在这里生生不息、代代相传。
1917年，著名教育家蔡元培就任北京大学校长，他“循思想自由原则，取兼容并包主义”，对北京大学进行了卓有成效的改革，促进了思想解放和学术繁荣。陈独秀、李大钊、毛泽东以及鲁迅、胡适、李四光等一批杰出人士都曾在北京大学任教或任职。
1937年卢沟桥事变后，北京大学与清华大学、南开大学南迁长沙，共同组成国立长沙临时大学。1938年，临时大学又西迁昆明，更名为国立西南联合大学。抗日战争胜利后，北京大学于1946年10月在北平复员。
中华人民共和国成立后，全国高校于1952年进行院系调整，北京大学成为一所以文理基础教学和研究为主、兼有前沿应用学科的综合性大学，为社会主义建设事业培养了大批杰出人才，在23位“两弹一星”元勋中有12位北大校友。
改革开放以来，北京大学进入了稳步快速发展的新时期，于1994年成为国家“211工程”首批重点建设大学。1998年5月4日，在庆祝北京大学建校一百周年大会上，党中央发出了“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学”的号召，之后启动了建设世界一流大学的“985工程”。在这一国家战略的支持和推动下，北京大学的发展翻开了新的一页。
2000年4月3日，北京大学与原北京医科大学合并，组建了新的北京大学。原北京医科大学的前身是创建于1912年10月26日的国立北京医学专门学校， 1903年京师大学堂设立的医学实业馆为这所国立西医学校的诞生奠定了基础。20世纪三、四十年代，学校一度名为北平大学医学院，并于1946年7月并入北京大学。1952年在全国高校院系调整中，北京大学医学院脱离北京大学，独立为北京医学院。1985年更名为北京医科大学，1996年成为国家首批“211工程”重点支持的医科大学。两校合并进一步拓宽了北京大学的学科结构，为促进医学与理科、工科以及人文社会科学的交叉融合，改革创新医学教育奠定了基础。
党的十八大以来，在以习近平同志为核心的党中央坚强领导下，北大加快推进高质量内涵式发展，在建设中国特色世界一流大学的新征程上取得新突破。2018年5月2日，习近平总书记到北大考察，并在北大师生座谈会上指出：“近年来，北大继承光荣传统，坚持社会主义办学方向，立德树人成果丰硕，双一流建设成效显著，服务经济社会发展成绩突出，学校发展思路清晰，办学实力和影响力显著增强，令人欣慰。”在习近平总书记的勉励和指引下，北京大学再接再厉、接续奋斗，坚持当好培养高素质拔尖创新人才的摇篮、创造前沿科技和先进思想文化的重要阵地、服务国家高质量发展的枢纽平台、推动高水平对外开放的桥梁纽带，在新征程上不断谱写建设中国特色世界一流大学的崭新篇章。
现任校党委书记郝平、校长龚旗煌。
